Tại một số tỉnh Nam Bộ, cây ớt trồng được quanh năm và có thể trồng luân canh trên nền đất lúa hoặc chuyên canh. Chính vì vậy, tình hình dịch hại trên cây ớt phức tạp, nhất là vào mùa mưa.
Đặc biệt, bệnh thán thư trên cây ớt thường phát triển mạnh. Bệnh này xuất hiện ở tất cả các giai đoạn sinh trưởng của cây, nhưng thường gây hại mạnh nhất là vào thời kỳ cây ớt cho trái. Bệnh do nấm gây nên, làm thối trái hàng loạt.