1963: VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP TÁCH TỪ HỌC VIỆN NÔNG LÂM
Đến năm 1963, do quy mô của Học viện Nông Lâm đã phát triển quá lớn, đòi hỏi của công tác đào tạo và nghiên cứu khoa học nông nghiệp phục vụ sản xuất ngày càng cao, Học viện Nông Lâm được tách thành Viện Khoa học Nông nghiệp và Trường Đại học Nông nghiệp theo Quyết định số 137-CP ngày 21/9/1963 của Hội đồng Chính phủ do Thủ tướng Phạm Văn Đồng ký. Nhiệm vụ của Viện là “Nghiên cứu khoa học và kỹ thuật nông nghiệp nhằm phục vụ trực tiếp cho sản xuất nông nghiệp, đồng thời xây dựng cơ sở cho ngành khoa học và kỹ thuật nông nghiệp của Việt Nam”. Trụ sở của Viện đóng tại Thanh Trì, Hà Nội. Cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị của Viện toàn bộ do Liên Xô (cũ) giúp đỡ. Viện được chia thành 4 ban (Trồng trọt, Chăn nuôi Thú y, Kinh tế nông nghiệp và Cơ khí nông nghiệp) và 2 phòng quản lý. Giáo sư Bùi Huy Đáp được cử làm Viện trưởng (1963 - 1977). Các Phó Viện trưởng gồm: TSNH. Lương Định Của (từ 1963 - 1968), KS. Phạm Văn Thích (từ 1963 - 1976) và GS.VS. Đào Thế Tuấn (từ 1970 - 1977).
Nguyên lý cơ bản của đường lối khoa học nông nghiệp thời đó được GS. Bùi Huy Đáp và các nhà khoa học của Viện đúc kết là: “Khoa học nông nghiệp phải dựa vào thực tiễn sản xuất mà phát triển nhằm phục vụ có hiệu quả cho sản xuất; khoa học nông nghiệp phát triển theo đường lối quần chúng, cán bộ khoa học nông nghiệp vừa là người hướng dẫn, vừa là học trò của nông dân; Khoa học nông nghiệp Việt Nam phải trên cơ sở thực tiễn của Việt Nam mà tiếp thu có chọn lọc những kinh nghiệm của khoa học nông nghiệp thế giới và đóng góp vào tài sản chung này. Cần phải tổ chức nghiên cứu thích hợp gồm 3 khâu kết hợp chặt chẽ với nhau: phòng nghiên cứu chú ý nhiều đến khía cạnh cơ bản, trại thí nghiệm với các thí nghiệm đồng ruộng và điểm thực nghiệm trong sản xuất”.
Trong những năm 70 thế kỷ XX, miền Bắc nước ta đã trải qua cuộc chiến tranh phá hoại ác liệt bằng không quân của đế quốc Mỹ. Trong 12 ngày đêm cuối năm 1972, máy bay B52 đánh bom hủy diệt thành phố Hà Nội, Viện đã bị tổn thất nặng nề. Đêm 21 rạng ngày 22/12/1972 máy bay ném bom đánh phá toàn diện khu vực Văn Điển nơi Viện đóng; Đến 22 giờ ngày 27/12/1972 khu vực Văn Điển lại bị đánh phá một lần nữa và lần này toàn bộ cơ ngơi của Viện gồm nhà làm việc, phòng thí nghiệm, thư viện, trại chăn nuôi, trại thí nghiệm, kho giống... bị phá hủy hoàn toàn. Nhiều cán bộ của Viện đã hy sinh và bị thương. Trước tình hình đó, Đảng ủy và Ban Giám đốc Viện đã lãnh đạo cán bộ công nhân viên đoàn kết, vượt qua đau thương mất mát, nhanh chóng khắc phục khó khăn, tiếp tục triển khai các công trình nghiên cứu khoa học và chương trình hoạt động của Viện. Trong những ngày tháng đau thương gian khổ này, sức sống của Viện như mầm xanh vẫn vươn lên từ đổ nát, góp phần cùng Thủ đô Hà Nội viết nên những trang sử hào hùng của dân tộc.

Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bị bom Mỹ tàn phá tháng 12/1972
Ở thời kỳ này, Viện đã nghiên cứu vận dụng sáng tạo những thành tựu của “Cách mạng xanh” lần thứ nhất của thế giới vào điều kiện cụ thể Việt Nam. Lần đầu tiên trong lịch sử sản xuất nông nghiệp nước ta đã sáng tạo ra một vụ lúa mới - vụ lúa Xuân với các giống ngắn ngày có tiềm năng năng suất cao, thay thế vụ lúa Chiêm cổ truyền dài ngày, năng suất thấp. Đây là đề tài mà GS. Bùi Huy Đáp và cộng sự đã dành nhiều tâm huyết nghiên cứu và triển khai thắng lợi. Viện Khoa học Nông nghiệp đã có công đầu trong việc đưa lúa Xuân ra đại trà trên toàn miền Bắc. Từ khi trở thành vụ sản xuất chính, lúa Xuân không những góp phần làm tăng sản lượng lúa Đông Xuân ở miền Bắc lên 50 - 60 vạn tấn thóc mỗi năm, mà còn thay đổi chế độ canh tác, mở đường cho các cây vụ Đông phát triển, góp phần đưa chăn nuôi lên thành ngành sản xuất chính, tạo ra công ăn việc làm và thu nhập cho hàng triệu nông dân. Đến năm 1974, sản xuất nông nghiệp đạt mốc chưa từng có, toàn miền Bắc đạt 5 tấn thóc/ha/năm. Lịch sử Ngành Nông nghiệp Việt Nam sẽ mãi ghi công Viện Khoa học Nông nghiệp và GS. Bùi Huy Đáp đã đi tiên phong và ghi dấu ấn quan trọng trong cuộc cách mạng nghề trồng lúa ở nước ta. Với công trình “Tổng kết kinh nghiệm và thực nghiệm chuyển vụ lúa Xuân ở miền Bắc Việt Nam nâng lên thành lý luận và phát động thành phong trào quần chúng năm 1965 - 1975” , GS. Bùi Huy Đáp đã vinh dự được nhận Giải thưởng Hồ Chí Minh đợt đầu tiên năm 1996.
Để phục vụ cho việc chuyển đổi cơ cấu mùa vụ, Viện đã chọn tạo và đưa ra sản xuất hàng loạt các giống cây trồng mới năng suất cao và ổn định. Đáng chú ý là các giống lúa 314, 424, nếp 415, Trân châu lùn, NN5, NN8, NN22, IR2151, IR2153,...
Trong giai đoạn này, Viện cũng có nhiều thành công trong nghiên cứu như: bón phân cải tạo đất vùng đất trũng, mặn; phòng trừ tổng hợp sâu bệnh hại lúa; đưa máy kéo về các hợp tác xã; thụ tinh nhân tạo phát triển đàn bò lai, lợn lai; sản xuất một số vắc-xin phòng dịch lợn; phương pháp khoán hộ và định mức thức ăn trong chăn nuôi.
1968-1977: THÀNH LẬP CÁC VIỆN/TRUNG TÂM NGHIÊN CỨU CHUYÊN ĐỀ VÀ VÙNG
Trước nhu cầu phát triển đa ngành, đa dạng của sản xuất nông nghiệp, một số viện/trung tâm nghiên cứu nông nghiệp chuyên đề và nông nghiệp vùng đã được thành lập.
Ngày 09/02/1968, Hội đồng Chính phủ đã ra Nghị định số 24/CP về việc quy định tổ chức bộ máy của Bộ Nông nghiệp, các viện sau đây đã được thành lập: Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm; Viện Cây công nghiệp, Cây ăn quả và Cây làm thuốc; Viện Thổ nhưỡng Nông hóa; Viện Chăn nuôi; Viện Bảo vệ thực vật; Viện Thú y; Viện Công cụ và Cơ giới hóa nông nghiệp.
Ngày 13/02/1971, Bộ Nông trường ra Quyết định số 75/QĐ-TC thành lập Trại Nghiên cứu Ngô Sông Bôi (tiền thân của Viện Nghiên cứu Ngô ngày nay).
Cuối năm 1976, Bộ Nông nghiệp ra quyết định thành lập Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Eakmat (tiền thân của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Tây Nguyên ngày nay).
Ngày 26/01/1977 , tại Quyết định số 22/NN-TC/QĐ của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp, Viện Khoa học Nông nghiệp Phía Nam được đổi tên thành Viện Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Đông Nam Bộ (tiền thân của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam ngày nay).
Ngày 31/01/1977, Bộ Nông nghiệp ra Quyết định số 41-NN-TC/QĐ thành lập Trung tâm Kỹ thuật Nông nghiệp Đồng bằng sông Cửu Long (tiền thân của Viện Lúa Đồng bằng sông Cửu Long ngày nay); và Quyết định số 42- NN-TC/QĐ ngày 01 tháng 2 năm 1977 thành lập Trung tâm Nghiên cứu Dâu tằm tơ Trung ương.

Trụ sở Nha Khảo cứu Sưu tầm Nông-Lâm-Súc trước năm 1975

Trên cánh đồng Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm năm xưa

Kỹ thuật làm ngô bầu để đưa cây ngô vào vụ Đông ở Miền Bắc