Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam được thành lập và tổ chức lại theo Quyết định số 220/2005/QĐ-TTg và Quyết định số 930/QĐ-TTg ngày 09/9/2005 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở sắp xếp các đơn vị nghiên cứu khoa học trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Tiền thân của Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam là các đơn vị nghiên cứu thuộc Bộ Canh nông, Bộ Nông Lâm và Bộ Nông nghiệp trước đây gồm Viện Trồng trọt (năm 1952), Viện Khảo cứu Nông Lâm (1955), Viện Khảo cứu Trồng trọt (1957), Học viện Nông Lâm (1958), Viện Khoa học Nông nghiệp (1963) và Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam (1977).
Ngày 29/3/2006, Bộ Nội vụ đã ban hành Quyết định số 581/QĐ-BNV xếp hạng đặc biệt và quy định phụ cấp đối với chức danh lãnh đạo thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.
Trụ sở chính của Viện đặt tại xã Vĩnh Quỳnh, huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội. Các đơn vị trực thuộc Viện có trụ sở trải dài khắp cả nước, trên 7 vùng sinh thái và kinh tế nông nghiệp.
Quyết định thành lập Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam năm 2005
Nguồn nhân lực: Tính đến 31/12/2022, Viện có 1861 cán bộ biên chế, trong đó có 20 Giáo sư, Phó giáo sư; 257 Tiến sĩ; 891 Thạc sĩ; 558 người có trình độ đại học; 135 người có trình độ khác.
Cơ cấu tổ chức: Cơ cấu tổ chức của Viện gồm 4 đơn vị chức năng và 19 Viện/ Trung tâm trực thuộc:
Các đơn vị chức năng:
1- Ban Tổ chức và Hành chính (DOPA)
2- Ban Khoa học và Hợp tác quốc tế (DOSI)
3- Ban Thông tin và Đào tạo (DIPG)
4- Ban Tài chính, Kế toán (DFA)
Các đơn vị trực thuộc:
Nhóm Viện nghiên cứu các cây ngành hàng lớn:
1- Viện Lúa Đồng bằng sông Cửu Long (CLRRI)
2- Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm (FCRI)
3- Viện Khoa học kỹ thuật nông nghiệp miền Nam (IAS)
4- Viện Nghiên cứu Ngô (MRI)
5- Viện Nghiên cứu Cây ăn quả miền Nam (SOFRI)
6- Viện Nghiên cứu Rau quả (FAVRI)
7- Viện Nghiên cứu Mía đường (SRI)
Nhóm Viện vùng:
8- Viện Khoa học kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Tây nguyên (WASI)
9- Viện KHKT Nông Lâm nghiệp miền núi phía Bắc (NOMAFSI)
10- Viện Nghiên cứu Bông và Phát triển Nông nghiệp Nha Hố (Nhaho-RICOTAD)
11- Viện Khoa học kỹ thuật Nông nghiệp Duyên hải Nam Trung bộ (ASISOV)
12- Viện Khoa học kỹ thuật Nông nghiệp Bắc Trung bộ (ASINCV)
Nhóm Viện nghiên cứu cơ bản và Trung tâm:
13- Viện Di truyền Nông nghiệp (AGI)
14- Viện Bảo vệ thực vật (PPRI)
15- Viện Thổ nhưỡng Nông hóa (SFRI)
16- Viện Môi trường Nông nghiệp (IAE)
17- Trung tâm Tài nguyên thực vật (PRC)
18- Trung Nghiên cứu Dâu tằm tơ Trung ương (VIETSERI)
19- Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Khuyến nông (CETDAE)
